更新时间：2023-08-30 22:11
咸丰三年（1853 ），李鸿章回原籍（合肥）办团练，建立淮军，吕本元应征。参与镇压太平天国、捻军起义，在江苏、安徽、山东、河南各省作战。在救援湖北、陕西的战役中屡立战功，累功至总兵。
同治七年（1868 ），赐号强勇巴图鲁。
光绪二十年（1894）八月，甲午战争爆发，檄吕本元率兵出关，日夜兼程至朝鲜安州。九月十五日，平壤失守，跟随宋庆退守大高岭，保鸭绿江防线。他令各军夜间在各要隘处树旗，广布疑兵。当日军迟疑不决时，突然袭击。盛军统领卫汝贵因在平壤战役临敌溃退，被“撤去统领，听候查办”，所部盛军归吕本元、孙显寅统领，防守安东县、沙河镇一线。
十月二十五日，日军第一军司令官山县有朋指挥主力进攻清军鸭绿江防线九连城、虎山阵地前，于二十四日别遣佐藤正大佐率第十八联队由朝鲜水口镇涉水渡江，攻占安平河河口，击退黑龙江齐字练军倭恒额部。宋庆派吕本元马队星夜驰援。二十五日，日军大队进攻虎山，吕本元又率队接应。虎山失守，吕本元、孙显寅率盛军跟随宋庆退往凤凰城。不久，宋庆回援金州、旅顺，留吕本元守连山关、甜水站，与聂士成、孙显寅等扼摩天岭通道，阻止日军由东路进犯辽沈。
十一月十二日，日军第十旅团一部进犯连山关口，吕本元战败，连山关失守。二十五日，在聂士成支援下重新收复连山关。次日，吕本元、聂士成、依克唐阿等部在草河岭与日军展开激战，击毙日军步兵大尉斋藤正起。击伤炮兵大尉池田纲平等。
光绪二十一年（1895）一月十一日，为配合西路清军依克唐阿、长颁等反攻海城，吕本元、聂士成、孙显寅等由摩天岭、连山关主动出击，经通远堡进攻雪里站日军。日军人少，坚匿不出。此后，由于凤凰城、九连城一线日军陆续西调援海城，东线兵力日减。东边道一线遂无大战事。甲午战争结束后，率兵退回直隶。
光绪二十六年（1900），义和团运动爆发，署天津镇总兵，不久擢直隶提督，统率淮军、练军，残酷镇压义和团运动，受弹伤。因镇压义和团有功，赏穿黄马褂。调任浙江提督，勤训练，尤严治盗，常亲自督队入山搜剿，连毙匪首。浙江裁废绿营，推行新军编制，吕本元兼领新军。
宣统二年(1910年)，因病乞罢。不久卒于宁波。
《清史稿·卷四百六十一·列传二百四十八》