茎：绿檀木为常绿阔叶乔木，树皮淡褐色中呈现灰白色和灰绿色的斑纹，平滑，作薄鳞片状剥落；边材浅黄白色，芯材绿或浅绿，久则变浅；原木端面，绿色斑点密布；锯解时弦切面，由年轮组成的轮廓纹理则会十分明显；径切面会显现深浅不同的绿色，有细长的深绿色或深褐色条纹。

叶：绿檀木偶数羽状复叶，对生，长6~13厘米；托叶小，长约1毫米；小叶2~3对，无叶柄，对生；叶革质，倒卵形或椭圆形，长2.5~3.5厘米，宽2厘米，先端圆钝，基部阔楔形，全缘，无毛，中脉明显。

花：绿檀木花直径2厘米，数朵簇生于叶腋或近顶生；花梗细，长3~4厘米；萼片5裂，倒卵形，下部绿色，上部紫色，被绒毛，长4~5毫米；花瓣5，倒卵状椭圆形，中部凹陷呈舟状，先端急尖，被柔毛，开放时蓝紫色，之后逐渐转为浅蓝色或白色，长12毫米；雄蕊10，花药长圆形，金黄色，2室；子房无毛，两侧扁平，2室，每室有胚珠数枚，花柱长1厘米，绿色，柱头白色，锥状。倒心形蒴果，两侧扁平，熟时橘黄色，长1.5~2厘米，2瓣裂，每室有肾形种子1粒，种皮红色，肉质。花期12月至翌年9月，果熟期5月~翌年2月。